Este municipio empezó a ser poblado en el año 3000 A.C. Debido a esto es que hay en ella muchísimos elementos y restos de elevada importancia histórica, que en su mayoría son de origen romano. Por otra parte, se destaca también la explotación minera en el Monte Romero.

Un ejemplo en cuanto a los sitios de valor antropológico es el Viejo Castillo, donde se pueden apreciar numerosos sillares romanos, aunque todo ha quedado muy oculto bajo las obras medievales, y son de estilo romano algunos de los restos arquitectónicos como columnas, capiteles y sillares.

El yacimiento de Santa Eulalia es otro de los ejemplos de gran importancia, aunque aún no se ha excavado. Los muros que sirven de base al ábside de la Ermita son uno de los elementos que más se destacan. En la época visigoda también se edificó en la zona un monasterio en el solar de la Fortaleza. Los restos religiosos de este período son realmente muy interesantes, como el dintel de entrada al templo y un ara y un cimacio, elementos que datan de un período entre los siglos V y VII.

Cuenta la historia que al llegar los musulmanes a España se cree que la ciudad fue ocupada por Abd al Aziz, como toda la provincia de Huelva, cuando desde Sevilla realiza una campaña hacia tierras del Algarve, entregando sin lucha la localidad y pasando a depender de los Walíes de Córdoba. A mediados del sigo XIII, toda la región ya se encuentra en manos católicas. Sobre 1.230, Almonaster y otros pueblos de la comarca se incorporan a Portugal.

El problema de fronteras surgido entre Portugal y Castilla por las “tierras del Algarbe” culmina con la intervención del Papa, y en 1.253 los territorios pasan a Castilla con la condición de ser entregados en dote a la Infanta Beatriz, prometida de Alfonso III. Sin embargo, quedan exceptuados del arreglo los territorios ubicados en la margen izquierda del río Guadiana, marcando una línea fronteriza entre las tierras castellanas y las portuguesas. Es así que Almonaster queda incluido en el alfoz o ‘tierra' de Sevilla.

El 16 de diciembre de 1.279, gracias a un privilegio otorgado a Alfonso X El Sabio y corroborado con posterioridad por su hijo Sancho IV El Bravo, el concejo de Sevilla entregó los sitios de Almonaster la Real y Zalamea al Obispo Don Remondo y al Cabildo hispalense, como contrapartida a la entrega de Puebla de Cazalla.

Al poco tiempo, más concretamente el 24 de mayo de 1.285, ambas ciudades fueron declaradas dominio exclusivo del Arzobispo. De esta forma, se establece un señorío episcopal en el territorio de realengo de la Sierra de Huelva, una situación que se extenderá en el tiempo hasta 1.574. En ese momento, el Rey Felipe II, mediante Bula extendida por el Papa Gregorio XIII, decide separar a Almonaster de la sede de Sevilla, una medida definitivamente rubricada por Real Cédula de 1.579.

Felipe II otorgó en 1580 una orden para que el licenciado Álvaro de Santander se hiciera cargo de la Villa y su Castillo, incorporándose de esta manera a la jurisdicción real. Como el territorio iba a ser vendido al príncipe de Salerno, Nicolao Grimaldo, y posteriormente al marqués de La Algaba, los vecinos del lugar interpusieron un recurso y solicitaron a la Corona que la Villa quedase realenga. La Real Cédula de 10 de mayo de 1.580 establece la aceptación de esta petición vecinal, estipulándose al mismo tiempo la forma de pago, autorizándose al Concejo de la Villa para la recaudación correspondiente, con el propósito de hacer frente a las obligaciones con la Real Hacienda.

Como queda realenga, la Villa toma el sobrenombre de Almonaster la Real. Durante el siglo XIX, esta localidad vivirá un período de fuerte expansión económica y social, cimentado en la puesta en valor y explotación de los recursos mineros que posee. Sin embargo, la actividad minera mermó en gran manera durante la segunda mitad del siglo XX. Actualmente, el yacimiento de Aguas Teñidas es el único que parece tener condiciones como para desarrollar una producción de importancia a futuro.