Los primeros asentamientos humanos que se producen donde hoy se encuentra El Puerto de Santa María se remontan al Paleolítico Inferior como dan viva muestra el yacimiento de “El Aculadero”. También en “Las Arenas” hay otro yacimiento arqueológico, este correspondiente al Mesolítico, y en las proximidades de la torre medieval de Doña blanca se están realizando excavaciones arqueológicas de un antiguo doblamiento fenicio que se encuentra datado entre los siglos IX y III antes de Cristo.

La leyenda afirma que la fundación de la ciudad se debe a un caudillo ateniense de nombre Menesheo que tras la Guerra de Troya arribó a estas tierras y fundo un emplazamiento que se denomino “El Puerto de Menesheo”.

Con la llegada de los musulmanes a la península ibérica, en el año 711 estos tienen un cruento enfrentamiento con los ejércitos visigodos en la batalla de Guadalete y tras la victoria musulmana lo que actualmente es el Puerto de Santa María pasa a formar parte de las tierras de los musulmanes. Estos denominaron a lo que actualmente es El Puerto de Santa María con el nombre de Alcanatif que ha sido traducido al castellano por los investigadores como “Puerto de las Salinas”.
En el año 1.260

Alfonso X toma la ciudad y se empieza a denominar “Santa María del Puerto”. Las tierras que hasta ese momento pertenecían a los musulmanes son repartidas y a la ciudad se le otorga la Carta – Puebla. Llegado el año 1.368 y hasta el siglo XVIII la ciudad entra dentro de las posesiones de la casa ducal de los Medinaceli y será durante esta época cuando la ciudad brille con luz propia. El descubridor de América, Cristóbal Colón, desde el año 1.483 y por tres años fue se avecindó en la ciudad siendo huésped de los Señores del Puerto y será aquí dónde reciba la financiación para iniciar su primera expedición a América. En el puerto de la ciudad fue dónde se armó la carabela Santa María que sería una de las tres con las cuales Cristóbal Colón descubriría América.

Durante los siglos XVI y XVIII el puerto será base de muchas expediciones navales, tanto comerciales como militares. Además también durante esta época la localidad será lugar de descanso veraniego de la corte. En esta época también se producirá un inusitado desarrollo comercial de la localidad y muchos potentados ilustrados tomarán la localidad como residencia.