El Museo Provincial de Bellas Artes
Fue inaugurado en 1973. Se trata de un edificio contemporáneo, muy sencillo en cuanto a sus características de resolución estética. Dispone de tres plantas y semisótano y está dividido en tres secciones fundamentales: Arqueología, Bellas Artes y Etnología. Destaca la primera como consecuencia del brillante pasado histórico de Huelva, que posee todo el conjunto de importantes objetos del antiguo museo y de los trabajos realizados por el investigador Carlos Cerdán, en el Pozuelo y Santa Bárbara, con los hallazgos del cabezo de "La Joya" en la capital.

Museo de la Villa
Este museo fue instalado en un viejo molino de aceite al que se lo conocía como “Molino de Cepeda”. El centro se especializa en mostrar las relaciones que tiene la cultura del lugar con el entorno natural. Cuenta con tres secciones, en las que se evidencia primero la relación con la marisma y la playa (ganadería, caza y pesca), luego los usos agrícolas (cereal, vid y olivo) y finalmente el aprovechamiento forestal. Además, tiene una parte dedicada a mostrar una amplia muestra de la Fiesta del Rocío.

Su dirección es C/ Sebastián Conde, 8.

Museo del Mundo Marino
Este museo es un novedoso proyecto iniciado por la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía e inaugurado en el año 2002. El museo está dentro de un particular edificio en forma de duna, que es obra de los arquitectos Antonio Cruz y Antonio Ortiz, bien conocidos por numerosos y excelentes proyectos, como por ejemplo la Estación de Santa Junta en Sevilla. Consta de cinco salas temáticas: las dunas, los cetáceos, oceanografía, "la mar" y finalmente sala de audiovisuales.

Su dirección es Cra. de Matalascañas – Almonte (Huelva).

Museo histórico religioso
Está dedicado a las relaciones que históricamente han sostenido con el medio los pobladores del área de Doñana, centrándose en tres de los elementos más identificatorios: el paisaje, la historia y el ritual festivo. Los festejos son de gran trascendencia, sobretodo teniendo en cuenta el fervor popular que suscita la imagen de la Virgen, venerada en la ermita de la aldea desde la Edad Media hasta la actualidad.

Museo del Jamón
Fue ideado para proporcionar información y difundir de manera didáctica toda una cultura milenaria y serrana heredada de padres a hijos. Cuenta con siete salas diferentes, en las cuales se evidencia y pone en valor el proceso de crianza del cerdo, su vida en la dehesa, su alimentación, la matanza tradicional e industrial, el proceso de curación y elaboración y, por último, la maduración en bodega.

Museo etnográfico
Está dedicado a la rica etnología de la comarca de Andévalo y nace por iniciativa municipal. Fue inaugurado en 2003 con una exposición sobre azulejería antigua del cerro. El edificio en el que se encuentra es una especie de mercado del siglo XVIII. La exposición se organiza en tres espacios diferentes, siendo la información de mayor trascendencia la que puede recabarse en la segunda sala, en la cual se expone todo lo relativo al culto a San Benito en el municipio.

La dirección es C/ Padre Domínguez 21320, Cerro de Andévalo, Huelva.

Casa Museo Zenobia y Juan Ramón
Se trata de la casa en la que pasó la mayor parte de su infancia y juventud el poeta Juan Ramón Jiménez. Su creación se efectivizó en el año en que el popular escritor recibió el Premio Nobel (1956), por acuerdo del Ayuntamiento y la Diputación, propietaria del inmueble. Se abrió al público en 1958, poco tiempo después del fallecimiento de Juan Ramón Jiménez. Aparte de la biblioteca y hemeroteca, guarda mobiliario y objetos personales, donados por el matrimonio Jiménez y que se hallaban en el Museo Romántico de Madrid desde que partieron para el exilio. Tras una reforma completa del edificio y de la museografía, en diciembre de 2007 se ha vuelto a abrir al público.

Su dirección es C/Ribera 2, 21 800, Moguer (Huelva).

Museo Minero de Río Tinto “Ernest Lluch”
Explotadas desde la más remota antigüedad, las minas de Río Tinto han proporcionado desde siempre multitud de hallazgos arqueológicos que fueron recogidos por las diferentes empresas mineras que gestionaron el yacimiento. Recientemente, cuando se ha dejado de explotar, la Fundación Río Tinto ha creado este museo donde se da explicación de la impresionante geología del lugar y de las culturas que extrajeron de él minerales. Al mismo tiempo, pueden observarse dos locomotoras y el vagón de viajeros "Maharajah" (1892), considerado el más suntuoso de todos los tiempos.

El actual nombre del museo se debe a que el primer presidente de Fundación Río Tinto fue Ernest Lluch de 1988 hasta 1991, cuando pasó a formar parte del patronato de la misma. Tras su asesinato a manos de la banda terrorista ETA (21/11/2000), el día 3 de mayo de 2001 se colocó su nombre al Museo Minero y a la plaza donde éste se ubica.